Mərkəzi Klinikanın missiyası Azərbaycan səhiyyəsinə yeni, beynəlxalq standartlara uyğun tibbi xidmət sistemini və təfəkkürünü formalaşdırmaq və həyata keçirməkdən ibarətdir. Əsas məqsədimiz tibbin ən son nailiyyətlərindən, texnika və texnalogiyalarından istifadə etməklə xalqımıza müasir standartlar səviyyəsində tibbi xidmət göstərməkdən ibarətdir. Daha doğrusu xəstəxananın açılışı mərasimində Ümummilli Liderimiz Heydər Əliyev cənablarının proqram xarakterli nitqində qarşımıza qoyduğu aşağıdakı məqsəd və vəzifələri rəhbər tutaraq fəaliyyət göstərir və onlara nail olmağa uğur qazanmağımızın əsas meyarı kimi baxırıq. Bu vəzifələr aşağıdakılardan ibarətdir:

• Xalqımıza yüksək keyfiyyətli və beynəlxalq standartlara cavab verən tibbi xidmətlər göstərmək;
• Azərbaycan vətəndaşlarının xarici ölkələrdə deyil, məhz öz vətənlərində indiyədək həyata keçirilməmiş hər növ tibbi xidmətlər almalarını təmin etmək;
• Yüksək ixtisaslı və müasir səviyyədə tibbi bilik və bacarığa malik milli tibbi kadrlar hazırlamaq;
• Respublikamızdan müalicə məqsədilə xarici ölkələrə gedən xəstələrin vətəndə müalicə almalarını təmin etməklə yanaşı, bu məqsədlə xaricə aparılan milli valyuta axımının qarşısını almaq və onun xalqın mənafeyi naminə istifadəsini təmin etmək.